虽然我国食品安全总体形势趋好，但依然面对很多的问题与挑战。在1月6日北京开会的2016年食品安全热点科学理解会上，多位专家分析了虽然我国食品安全总体形势趋好，但依然面对很多的问题与挑战。
在1月6日北京开会的2016年食品安全热点科学理解会上，多位专家分析了我国食品安全不存在的几个引人注目问题，并明确提出应当希望的方向。过去30年，中国从食品紧缺发展到基本解决问题温饱，是一个相当大的进步，但发展中国家领先的农业和食品业产业结构，与消费者日益强化的对食品质量和安全性的表达意见之间，产生了不可避免的对立。只有遵循风险分析框架，各利益涉及方共同努力，社会共治，才能急剧提高中国的食品安全水平。
中国工程院院士陈君石认为，除源头污染外，当前主要的食品安全问题还包括：食源性疾病危害大，但是人们回应了解严重不足且防控措施脆弱，病因调查水平较低；食品掺假或欺诈是一个十分广泛的引人注目问题，严重影响消费者对食品供应的信心。稳中向好的食品安全形势仍面对极大的挑战。中国农业大学食品科学与营养工程学院教授罗云波在分析2016年中国食品安全形势时也展开了详尽阐释：一是食品安全监管体系亟需深化协同机制；二是源头污染等公众注目的焦点问题短期内无法有效地消弭；三是对互联网食品经营、网络订餐等新的业态的监管亟需强化；四是食品安全网络环境不应获得管理；五是企业主体责任疏远。
通过网络平台销售的食品数量近年来呈圆形井喷之势，其中还包括餐饮服务和预包装食品的销售。而对线上经营主体缺少有效地监管途径，也缺少网上交易在线滋扰和售后维权机制。回应，中国人民大学法学院副院长胡锦光教授指出，通过确保食品安全来确保公众身体健康是网络食品监管的底线。
当前，对网络食品监管的法律日臻完善，平台归责日益严苛，网络食品监管正在构建社会共治，如《食品安全法》的平台责任规定到细化的《网络食品安全违法行为公安部门办法》。同时，对有关网络店内平台的监管，对家庭厨房的监管，皆正处于法律探寻中。此外，还不应解决问题信息不平面等问题，通过诸如信用信息的透露来充分发挥消费者的自由选择力量，希望消费者用脚投票促成平台提高对消费者的保护意识。
此外，食品不实/欺诈也后遗症着全世界的监管部门。钟凯说明，不法分子展开食品不实的目的就是为了提供失当利益，它可能会影响食品安全，但本身从科学的角度来讲不是食品安全的问题，因此解决问题食品不实的手段、方法，和解决问题食品安全问题的方法不一样。
如果用解决问题食品安全的方法、思路去解决问题掺假问题，一定是事倍功半。罗云波回应，由机构改革带给的问题只有通过深化协同机制来解决问题，根据事权区分财权，在厘清事权的基础上强化食品安全性的属地责任，这是当前及今后一段时期内亟待解决的最重要问题之一。陈君石则建议，当前重点工作不应更进一步深化国家食品安全监管体制的改革，强化部门间协商和合作；政府食品安全监管模式要从以取样/检测居多改变为以过程监管居多；完备和提升食品安全国家标准，强化以风险评估为基础的原则；自学国际先进经验和技术，完备和提升对风险管理决策的技术承托，尤其是风险监测和风险评估；食品行业要增大对食品安全确保的投放，还包括人、财、物；无论是政府还是食品企业，首要的是能力建设。
虽然我国食品安全总体形势趋好，但依然面对很多的问题与挑战。
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